La gestion des milieux aquatiques et la prévention des inondations (GEMAPI) est une compétence obligatoire des communautés de communes depuis janvier 2018.

Cette compétence s'articule autour de :

• - L'aménagement de bassins ou d’une fraction de bassins hydrographiques (zones recevant les eaux de surface et souterraines),
• - L'entretien de cours d'eau,
• - La défense contre les inondations,
• - La protection et la restauration des sites, des écosystèmes aquatiques et des zones humides ainsi que des formations boisées riveraines.

Les milieux aquatiques du territoire

- La Saône
- Les affluents de la Saône : environ 70 km de rivières sans compter la Saône

• - La Chalaronne et ses affluents
• - L’Avanon
• - Le Jorfond
• - La Petite Calonne
• - Le Râche et la Calonne
• - L’Appéum
• - La Mâtre
• - Le Rougeat
• - Le Romaneins
• - Les canaux des casiers d’inondation de la Saône
• - Un affluent de la Saône sur Mogneneins

Dans un souci de cohérence et de maintien des politiques de gestion globale des cours d’eau, la communauté de communes a confié la compétence GEMAPI aux organismes existants auxquels elle adhère afin de garantir la mise en œuvre des actions nécessaires dans ce domaine, à un coût mutualisé. Des représentants de la communauté de communes siègent au sein de chaque comité syndical.